Aspek-aspek yang perlu diperhatikan untuk memilih bakteri probiotik untuk industri seperti disajikan pada Gambar adalah :
(1) Asal-usul strain probiotik dan status keamanannya. Bakteri probiotik yang banyak beredar di pasaran saat ini kebanyakan berasal dari mikrobiota usus manusia sehat (berupa feses), namun banyak pula yang diisolasi dari makanan fermentasi. Pemilihan mikrobiota usus sebagai asal probiotik, dimaksudkan untuk mendapatkan strain yang memang dapat hidup dan berkembang biak di usus. Namun, makanan fermentasi juga merupakan sumber yang ideal karena makanan ini telah dikonsumsi secara turun-temurun selama berabad-abad dan terbukti aman. Identifikasi yang jelas terhadap strain yang digunakan juga diperlukan, tidak hanya berdasarkan karakteristik penotipik, namun juga berdasarkan molekuler (16srRNA). Strain probiotik juga harus disimpan pada Culture Collection yang bereputasi internasional.
(2) Aspek fisiologi strain probiotik. Strain probiotik harus hidup dan melakukan kolonisasi pada lumen usus sehingga perlu dipertimbangkan resistensi terhadap pH rendah dan bile salt, termasuk kemampuan adhesi pada sel epitel manusia. Pertimbangan yang lain adalah memiliki aktivitas anti-mikroorganisme serta kemampuannya untuk menghasilkan enzim atau metabolit tertentu yang dapat membawa manfaat bagi tubuh inang. Daya antagonistis terhadap patogen enterik spesifik (kalau di Indonesia, patogen tropis perlu dipertimbangkan), kemampuan mengasimilasi serum kolesterol dan men-dekonjugasi bile salt, memproduksi asam amino, GABA, asam folat, vitamin, bahkan serotonin, serta memiliki β-galaktosidase, serta enzim yang lain merupakan aspek-aspek yang banyak diteliti.
(3) Aspek teknologi. Strain probiotik harus memiliki toleransi yang tinggi terhadap berbagai proses pengolahan pangan. Strain harus memiliki toleransi tinggi terhadap kekeringan, suhu tinggi maupun suhu rendah. Memiliki stabilitas dan viabilitas yang tinggi selama prosesing, pembekuan, pengeringan, pendinginan, serta penyimpanan. Strain yang akan digunakan untuk proses fermentasi harus memiliki kemampuan untuk menghasilkan produk fermentasi yang dapat diterima oleh konsumen. Apabila strain probiotik digunakan sebagai co- starter juga harus mampu berinteraksi dengan mikroorganisme utama di dalam proses fermentasi. Viabilitas pada produk akhir tetap tinggi sesuai dengan ketentuan pangan probiotik, yaitu 10^7-9 CFU/g produk.
(4) Aspek fungsional. Probiotik harus membawa manfaat kesehatan bagi tubuh, sehingga perlu dipertimbangkan aspek fungsional yang berasal dari strain. Beberapa aspek fungsional yang dapat diperoleh dari strain probiotik adalah sebagai imunomodulator, anti-alergi, anti-hipertensi, anti-kanker, dan lain-lain sesuai dengan karakteristik masing-masing strain yang digunakan.
Aspek-aspek di atas adalah strain dependen, atau tergantung dari strain probiotik itu sendiri. Setiap aspek yang diteliti harus dibuktikan melalui penelitian ilmiah yang terstruktur. Bahkan manfaat kesehatan yang dimiliki oleh strain probiotik tertentu harus dibuktikan melalui uji klinis yang selanjutnya dipublikasikan dalam jurnal ilmiah bereputasi.
(Endang S. Rahayu dan Tyas Utami, 2019. Probiotik dan Gut Microbiota serta Manfaatnya pada Kesehatan, PT Kanisius)